افزایش ظرفیت رشته های پزشکی علیرغم مزایایی که دارد، می تواند چالش هایی نیز با خود به همراه داشته باشد. برخی از منتقدین این طرح معتقدند که در شرایط فعلی نیز، لزوما همه فارغ التحصیلان رشته های پزشکی در شرایط اشتغالی مناسبی قرار ندارند. همین موضوع اهمیت اجرای صحیح و هدفمند این طرح را بیشتر می کند. البته لازم است به این نکته توجه شود که افزایش سهمیه ها به تنهایی برای بهبود خدمات پزشکی کافی نیست. اگر افزایش سهمیه ها را به عنوان گام نخست در نظر بگیریم به طور همزمان باید دانشجویان این رشته هم به خدمت در این مناطق ترغیب کرد. علت اصلی این است که غالبا درآمد پزشکان در کلان شهرها بیشتر از مناطق محروم می باشد. البته موضوعی که بسیار اهمیت دارد توجه به بهبود کیفیت آموزش و ارتقا امکانات همزمان با افزایش ظرفیت هاست. به عبارت دیگر باید تدبیر لازم جهت افزایش امکانات آموزشی برای تحصیل دانشجویان رشته پزشکی اندیشیده شود.